Flores, por ser hijo de padre español, de apellido Aramburu y de una bella porteña llamada Rita Flores, recibió una educación elemental, pero con una carga de venezolanidad, que ya a los doce años se alzó en arma contra el imperio español y a los 13 años fue hecho prisionero. 

El muchacho Flores al quedar en libertad y con apenas quince años de edad, vuelve a la guerra. Recibe el grado de Alférez. Carabobo y la batalla de Bomboná en abril de 1822 entre tropas colombianas y españolas, durante la marcha del ejército del libertador hacia Quito, dan fe de su arrojo libertario. Juan José Flores, llegó al grado de General de Brigada.

En 1826 ocupó la jefatura Civil y militar de la región sur de la Gran Colombia. Cargo que desempeñó desde Quito. Separada Ecuador de la Gran Colombia, termina de Presidente, razón por la cual, en ese país, es tenido como el Padre de la Patria. Este es otro saber republicano.